Оплаты контракта отображаются в разделе Оплата.
Если клиент ранее оплатил услугу чеком на этом же договоре, сумму можно зачесть в оплату контракта.

Нажмите Создать, выберите вид платежа Поступление, введите сумму, выберите тип платежа (при оплате банковской картой — тип «кредитная карта») и юридическое лицо (если их несколько).

Нажмите Создать, выберите вид платежа Возврат, введите сумму, выберите тип платежа и юридическое лицо.
Внимание! Не заходите в ранее созданное поступление и не меняйте тип с Поступление на Возврат — появится ошибка «Данный возврат приведет к отрицательному балансу по оплате». Нужно создать новый документ с типом Возврат.

Если подключён ККМ, оплаты могут регистрироваться по ФР автоматически согласно настройкам в Администратор → Параметры ФР.
Если ККМ не подключён на этом компьютере, проведите операцию в Рецепция → Кассовые документы на компьютере с ККМ.